ב- 9.7.2003 התקיימה בכנסת ישיבה מיוחדת לציון זכרו של חבר הכנסת לשעבר מאיר וילנר, במלאות 30 יום לפטירתו. את הישיבה פתח יו"ר הכנסת ראובן ריבלין, ודיברו בה השר מאיר שטרית, ח"כ שמעון פרס, ח"כ יוסי שריד ויו"ר חד"ש, ח"כ מוחמד ברכה.
השר מאיר שטרית הדגיש את האומץ של מאיר וילנר בהליכה מול מדיניות הקונצנזוס, וכן סיפר על פועלו הפרלמנטרי. בין היתר אמר:
מאיר וילנר התאפיין בדרך לא קלה בכנסת. קל מאד להיות חבר בקבוצה הקונצנזואלית שיש לה רוב בכנסת, ויש לה הסכמה כללית. הרבה הרבה יותר קשה לעתים ללכת לבד, בקבוצה הבלתי מקובלת, שנראית כמיעוט מוחלט, והרבה הרבה יותר קשה לאחד שנמצא תחת לחץ כזה, לעתים בחרם מוחלט….
היה לי הכבוד להיות בכנסת, אני כבר מ- 1981 כאן, והייתי אתו באותה כנסת, כמה כנסות ביחד. ראיתי אותו בפעולתו בכנסת כפרלמנטר, כמישהו שהיה בקיא בתקנון הכנסת, גם הוא וגם תופיק טובי, שייבדל לחיים ארוכים, הכירו את תקנון הכנסת לפרטיו. הם נלחמו על כל תג בתקנון וניצלו כל תג בו כדי להיאבק על עמדותיהם ועל דעותיהם, ותמיד עשו את זה, אני מוכרח לומר, וצריך לומר את זה היום לזכרו של מאיר וילנר, שהם עשו את זה תמיד בכבוד, בהדר, בצורה די יפה, ברוב המקרים, בתרבות גבוהה. הם לא ירדו אף פעם להשמצות או לקללות או פגיעות באנשים אחרים, ושמעו אותם שמוע היטב, בכל הזמן, בכל דיון, בכל כנס.
40 שנה, כאמור, כיהן חבר הכנסת וילנר כאופוזיציונר נצחי. לא אחת תקפו אותו בדברים בוטים, השמיצו אותו ואף פגעו בו פיזית. היו שקראו לו "בוגד בעמו"… הוא הציב לו מטרה: שלום בין שני עמים ישכון רק בזכות שותפות ושוויון. להגשמת מטרה זו הקדיש את חייו. עד יומו האחרון האמין בשכנות טובה ובמונח שכה אהב, "אחוות עמים".
אחרי השר מאיר שטרית דיבר ח"כ שמעון פרס, שניצל את רוב נאומו להסתה אנטי-קומוניסטית ולשבחי "ניצחון הציונות". ואלה היו המילים היחידות שהצליח להוציא מפיו בזכותו של מאיר וילנר:
לגבי המסלול הישראלי ניתן לומר שהוא לא חשש להיות במיעוט, וגם לאחר שסכין ימנית ניסתה להתנקש בחייו הוא לא נרתע מדרכו. הוא ניסה לבטא את מעמד העובדים. הוא רצה לייצג את השכבות החלשות. הוא שחר שלום בין יהודים לבין ערבים, והוא צדק כאשר הוא דגל בשתי מדינות לשני העמים.
יו"ר סיעת חד"ש, ח"כ מוחמד ברכה, היה אחרון הדוברים בדיון זה, ובדבריו אמר בין היתר:
החבר מאיר וילנר הלך לעולמו בשיבה טובה. הוא יכול לנוח על משכבו בשלום ובמידה גדולה של סיפוק עצמי. כדרכו של אוונגרד, מאיר נותר כל ימיו הציבוריים בשולי המפה הפוליטית, אולם דרכו ומסריו הונחלו והוטמעו בתוך הזרמים המרכזיים.
למאיר היה קול רך. אולם מחשבתו הייתה נחושה ומגובשת. הוא נשא את דגליו – דגלי הסוציאליזם, השלום והשוויון בין העמים – גם כאשר אלה היו מוקצים מחמת מיאוס. הוא עשה זאת ללא מורא ובגאון. מאיר היה איש פשוט בהליכותיו, בהיר במחשבתו ואמיץ באורח נדיר בהתנהלותו הפוליטית. הוא ידע חרמות, נאצות, הסתות, ואף ניסיון התנקשות פוליטית בחייו. הוא גם הותקף כאשר עמד על דוכן זה. אולם, אלה לא הסיטו אותו מדרכו.
במותו היה מאיר אחרון חותמי מגילת העצמאות שהלכו לעולמם. הוא חתם עליה מתוקף אמונתו בעיקרון שהיה בבסיס תוכנית החלוקה, לא ממניעים ציוניים אלא על פי זכות העמים להגדרה עצמית, ובמציאות שלנו – שתי מדינות לשני עמים. לכן, מאז קום המדינה, לא שקט ולא נח כדי לקדם את הקמת המדינה הפלסטינית העצמאית לצדה של מדינת ישראל. הוא היה מונע בשכנוע עמוק שבכך הוא לא רק מבטא את עקרונות האינטרנציונליזם, אלא שבכך הוא מגונן על עמו הוא. הוא ראה תמיד שעצמאותה האמיתית של ישראל שזורה בעצמאותו של העם הפלסטיני וההפך. הוא ראה שביטחון ישראל יושג במידת היכולת ליצור אקלים של שותפות אזורית עם העמים הערביים נגד האימפריאליזם ולא עם האימפריאליזם נגד העמים הערביים.
מאיר היה חלוץ ההידברות עם הנהגת העם הפלסטיני, דבר אשר לקח לאחרים שנות דור ועלה לשני העמים נחשולים של דם, ייסורים וכאב. מאיר רשם פרק מפואר בחיים של הארץ השסועה הזו. תמיד לצדם של העובדים וקשי-היום שנפלו קורבן לחברה שהלכה ונעשתה יותר ויותר אנוכית, לצדה של האוכלוסיה הערבית שסבלה מממשל צבאי, גזל כרוני של אדמות, קיפוח ואפליה מובנים והסתות חוזרות ונשנות. מאיר, עם חברו תופיק טובי – ייבדל לחיים ארוכים – הגיעו, בדרכם הארוכה המשותפת, בדרך-לא-דרך, באותם ימים חשוכים לכפר קאסם בשנת 1956, כדי לחשוף קבל-עם את הטבח הנורא שנעשה שם. הוא היה תמיד לצדם של חסרי המגן והישע. קומוניסט אמיתי, גאה ועקבי מאד.